 以分子形式吸附在硅片表面上的典型沾污杂质，主要是天然或合成油脂、树脂和油类等物质。在衬底制备中的切、磨、抛引入的杂质多属于此种类型。此外，操作者手指上的油脂，光刻胶以及有机溶剂的残渣等也均属于这一类型。
分子型杂质吸收的特点是它们与硅片表面的接触通常是依靠静电引力来维持，是一种物理吸附现象。由于天然或合成油脂、树脂和油类的分子一般以非极性分子存在，它是靠杂质的中性分子与硅片表面硅原子没有被平衡的那部分剩余力相互吸引而结合的。结合的力与分子型晶体结构中分子与分子间存在的范德瓦耳斯力是一样的。这种吸引力比较弱，它随着分子间距的增加很快被削弱，所以这种力所涉及的范围只不过在2～3×10－8厘米（即2－3埃）左右，也就是象分子直径那么大小的距离，因此要彻底清除这些分子型杂质是比较容易的。分子型杂质的另一个重要特点是，大多是不溶于水的有机化合物，当它们吸附在硅片表面时将使硅片表面呈现疏水性，从而妨碍了去离子水或酸、碱溶液与硅片表面的有效接触，使得去离子水或酸．碱溶液无法与硅片表面或其它杂质粒子相互作用，因此无法进行有效的化学清洗。
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